Veľmi častou dilemou pre začínajúcich podnikateľov býva či majú siahnuť po podvojnom účtovníctve alebo majú radšej využívať jednoduché účtovníctvo. Veľakrát ani nevedia, aký je vlastne medzi nimi rozdiel. Ako prvé však treba rozlíšiť, akou formou podnikateľská jednotka podniká. Obchodný zákonník ustanovuje, že podnikatelia zapísaní v obchodnom registri účtujú v sústave podvojného účtovníctva. To znamená, že pokiaľ podnikáte, ako spoločnosť s ručením obmedzeným, akciová spoločnosť či družstvo, ste zo zákona povinný účtovať v podvojnom účtovníctve. Keď ste podnikateľ, ako fyzická osoba, môžete si vybrať či budete účtovať v jednoduchom účtovníctve alebo v podvojnom.
Základný rozdiel medzi jednoduchým a podvojným účtovníctvom je možné zovšeobecniť tak, že v podvojnom účtovníctve vedieme oveľa detailnejšiu a podrobnejšiu evidenciu, ako v jednoduchom účtovníctve. Z toho nám však zároveň vyplýva aj vyššia administratívna a vedomostná náročnosť, ako pri vedení jednoduchého účtovníctva. V jednoduchom účtovníctve účtujeme o tzv príjmoch a výdavkoch. V praxi to znamená, že do účtovníctva nám vstupujú príjmy a výdavky až pri finančnej úhrade. Faktúry za tovar či služby účtujeme chronologicky do peňažného denníka až dňom ich reálnej úhrady. Rovnako aj faktúry vydané (za naše služby alebo predaj tovaru) zaúčtujeme až po ich úhrade. Jednoduché účtovníctvo nám teda dáva pohľad na naše finančné hospodárenie v reálnom čase príjmov a výdavkov. Na konci účtovného obdobia je, samozrejme pri dodržaní princípov jednoduchého účtovníctva, náš zisk resp. strata, kladný alebo záporný rozdiel medzi príjmami a výdavkami.
V podvojnom účtovníctve neúčtujeme o príjmoch a výdavkoch, ale o nákladoch a výnosoch.
Rozdiel je aj v účtovných závierkách. Kým pri jednoduchom účtovníctve máme okrem všeobecných náležitosti aj výkaz o príjmoch a výdavkoch a výkaz o majetku a záväzkoch. Pri podvojnom účtovníctve platí, že okrem všeobecných náležitostí sem patrí ešte aj: súvaha, výkaz ziskov a strát a poznámky.